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薄切片可提高顏料、探針和抗體的可及性，且和降低不同細(xì)胞層空間疊加造成的影響。對于光學(xué)顯微鏡，石蠟是常用的硬質(zhì)切割材料。切片后，石蠟組織切片可有多種用途，如免疫組織化學(xué)染色，和用以研究基因表達(dá)、蛋白表達(dá)，DNA突變等研究的原位雜交實(shí)驗(yàn)。

蘇木素（Hematoxylin）-伊紅（Eosin）染色法，簡稱HE染色法。蘇木精染液為堿性，主要使細(xì)胞核內(nèi)的染色質(zhì)與胞質(zhì)內(nèi)的核酸著紫藍(lán)色；伊紅為酸性染料，主要使細(xì)胞質(zhì)和細(xì)胞外基質(zhì)中的成分著紅色。HE染色提供良好的核漿對比染色，是細(xì)胞化學(xué)染色常用的一種方法。

酶聯(lián)免疫吸附測定enzyme linked immunosorbent assay（ELISA）指將可溶性的抗原或抗體結(jié)合到聚苯乙烯等固相載體上，利用抗原抗體結(jié)合專一性進(jìn)行免疫反應(yīng)的定性和定量檢測方法。分為夾心法，間接法和競爭法三種。

含熒光蛋白的載體可作為轉(zhuǎn)染標(biāo)記來轉(zhuǎn)染細(xì)胞，以進(jìn)行活細(xì)胞標(biāo)記。其不含MCS。在這些載體中，熒光蛋白可以持續(xù)表達(dá)，并且可以被熒光顯微鏡或流式細(xì)胞檢測到，因此可以提供可觀的轉(zhuǎn)染/共轉(zhuǎn)染或移植實(shí)驗(yàn)后對細(xì)胞的監(jiān)控的證據(jù)。

FISH（fluorescence in situ hybridization）技術(shù)是一種重要的非放射性原位雜交技術(shù)。基本原理：如果被檢測的染色體或DNA纖維切片上的靶DNA與所用的核酸探針是同源互補(bǔ)的，二者經(jīng)變性-退火-復(fù)性，即可形成靶DNA與核酸探針的雜交體。

原位雜交（In situ hybridization）是指將特定標(biāo)記的已知順序核酸為探針與細(xì)胞或組織切片中核酸進(jìn)行雜交，從而對特定核酸順序進(jìn)行精確定量定位的過程。原位雜交可以在細(xì)胞標(biāo)本或組織標(biāo)本上進(jìn)行。根據(jù)所用探針和靶核酸的不同，原位雜交可分為DNA-DNA雜交，DNA-RNA雜交和RNA-RNA雜交三類。按其作用方式分為固相雜交和液相雜交。